Le Cycle 3 est ouvert à tout étudiant titulaire d'un « Diplôme d'études approfondies en théologie orthodoxe » (Cycle 2), d'un Master de théologie orthodoxe ou d'un diplôme équivalent reconnu. Ce parcours mène à l'obtention du « Diplôme d'études de troisième cycle en théologie orthodoxe », et la demande d'inscription doit faire l'objet d'un accord préalable du Doyen et d'un Comité ad-hoc d'enseignants.
Les études de Cycle 3 durent trois ans (sauf dérogation) et sont couronnées par la soutenance d'une thèse de haute qualité scientifique. Un accord préalable doit être conclu entre l'étudiant de Cycle 3 et le directeur de thèse, accord qui lie les deux parties par des droits et devoirs respectifs.
La soutenance de la thèse est publique. Le jury est composé du doyen du CDS, du directeur de thèse et de deux lecteurs.