Le deuxième Cycle d’études du CDS-FR s’adresse aux étudiants qui souhaitent approfondir leur connaissances en théologie orthodoxe, et également s’initier au travail de la recherche. Ce parcours est sanctionné par le « Diplôme d’études approfondies en théologie orthodoxe » (Cycle 2), au terme de quatre semestres de cours et après la rédaction d’un mémoire.
La formation pour le Cycle 2 intègre l’étudiant progressivement dans le monde de la recherche, tout en assurant un accompagnement pour la poursuite des études de théologie entamées par le Cycle 1. Nous attendons de la part des étudiants qui préparent le « Diplôme d’études approfondies en théologie orthodoxe » (Cycle 2) une grande autonomie de travail, et qu'ils montrent une bonne capacité de synthèse. Cette approche permet d’accorder davantage de crédits pour la validation du travail dans une discipline donnée, car on estime que le volume de travail est plus important pour ce type de cours, que pour les cours de Cycle 1. Chaque cours a une durée d’un semestre. Lorsqu’il valide un cours de Cycle 2, l’étudiant acquiert 6 crédits. Sur un semestre, des crédits sont accordés également pour le travail de méthodologie, la participation aux ateliers d’écriture sur Moodle et pour la rédaction d’un mémoire de recherche de 100 pages au second niveau.